Лаборатория эволюционной морфологии была создана зимой 1930 г. при Академии наук СССР. Руководителем лаборатории стал известнейший зоолог, академик по отделению физико-математических наук Алексей Николаевич Северцов.

Северцов является автором около 100 научных трудов в области сравнительной анатомии, эмбриологии и теории эволюции, среди которых несколько больших монографий.
Лаборатория эволюционной морфологии была последним начинанием Алексея Николаевича в области научно-организационной деятельности и его любимым детищем на протяжении всех последних лет жизни.

Первые четыре года лаборатория размещалась в трех комнатах на территории Института сравнительной анатомии Московского университета. В состав входили московские ученики академика Северцова, которые занимались исследованиями морфологических закономерностей эволюционного процесса, используя данные сравнительной морфологии животных.

Лишь в 1934 г. лаборатория расширилась, переехала в здание на Большой Калужской улице (ныне Ленинский проспект, дом 33). 5 октября 1934 г. считается официальной датой образования Института проблем экологии и эволюции им. А.Н.Северцова РАН.

Первым директором Института был назначен академик А.Н.Северцов, а его заместителем - академик А.А.Борисяк. Они возглавили и два сектора в составе Института - сектор морфологии современных животных (А.Н.Северцов) и сектор палеозоологии (А.А.Борисяк).